这种繁重的、日复一日的仪式，不仅百官深以为苦，就是皇帝也无法规避，因为没有他的出现，这一仪式就不能存在。1498年，当时在位的弘治皇帝简直是用央告的口气要求大学土同意免朝一日，因为当夜宫中失火，弘治皇帝彻夜未眠，神思恍惚经过大学士们的商议，同意了辍朝一日。除此而外，皇帝的近亲或大臣去世，也得照例辍朝一日至三日以志哀悼。然而这种性质的辍朝，得以休息的仅是皇帝一人，百官仍须亲赴午门，对着大殿行礼如仪。
首先打破这一传统的是第十代的正德皇帝，即万历的叔祖。正德的个性极强，对于皇帝的职责，他拒绝群臣所代表的传统观念而有他自己的看法和做法。他在位时，常常离开北京，一走就是几个月甚至长达一年。而住在北京期间，他又打破陈规，开创新例，有时竟在深夜举行晚朝，朝罢后又大开宴席，弄到通宵达旦。面对这些越轨的举动，臣僚们自然难于和他合作，他也就撇开正式的负责官员而大加宠用亲信的军官和宦官。对负主要行政责任的内阁，在他眼里不过是一个传递消息的机构而已。凡此种种，多数文臣认为迹近荒唐，长此以往，后果将不堪设想。
幸而正德于1521年去世，又未有子嗣。大臣们和皇太后商议的结果，迎接万历皇帝的祖父入承大统，是为嘉靖皇帝。作为皇室的旁支子孙而居帝位，在本朝尚无前例。大臣们乘此机会，肃清了正德的亲信，其劣迹尤著的几个人被处死刑。嘉靖登极的前20年可以算得上尽职。他喜欢读书，并且亲自裁定修改礼仪。可是到了中年以后，他又使臣僚大失所望。他对举行各种礼仪逐渐失去兴趣，转而专心致志于修坛炼丹，企求长生不死，同时又迁出紫禁城，住在离宫别苑。尤其不幸的是，这个皇帝统治了帝国达45年之久，时间之长在本朝仅次于万历。
万历的父亲隆庆，在本朝历史上是一个平淡而庸碌的皇帝。在他御字的五年半时间里，开始还常常举行早朝，但是他本人却对国政毫无所知，临朝时如同木偶，常常让大学士代答其他官员的呈奏。后期的几年里，则索性把这如同具文的早朝也加以免除。
1572年，万历皇帝即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多。与此同时，其他的礼仪，如各种祭扫，皇帝也经常不能亲临而是派遣官员代祭。实际上，万历皇帝的早朝，即使按规定举行，较之前代，已经要省简多了。首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过。
